D’abord publié sous la forme d’un ouvrage par les éditions Quae (ISBN : 978-2-7592-3166-9), le glossaire de panification au levain naturel a été transposé en SKOS, un format exploitable par les applications informatiques, et publié en prenant en compte les principes FAIR avec l’appui du projet ANR FooSIN (https://anr.fr/Projet-ANR-19-DATA-0019).
Avec ce nouveau mode de publication du glossaire, les auteurs ont souhaité :
Améliorer la visibilité de ce glossaire dont le contenu montre la valeur de la recherche participative et apporte à tous les savoirs co-construits autour de la filière boulangerie française au levain.
Rendre le contenu exploitable par des applications informatiques en en faisant une ressource terminologique en ligne représentée selon les standards du web sémantique et disponible via des APIs.
Le projet FooSIN inaugure aujourd’hui une série de ressources en lignes autour de SKOS, un modèle RDF standard pour représenter et échanger des vocabulaires simples.
En effet, les vocabulaires et autres référentiels terminologiques jouent un rôle important dans le cycle de vie de la donnée et contribuent à la mise en œuvre des principes FAIR.
Ils permettent de documenter les objets étudiés, les variables enregistrées dans les bases de données, les méthodes utilisées dans le cadre des expérimentations… Ils facilitent la recherche et la réutilisation des jeux de données et des publications par exemple. Les vocabulaires participent également à réaliser l’interopérabilité sémantique des objets numériques et des systèmes d’information qui les stockent et les exposent. Ils permettent de savoir si deux systèmes font référence ou non à une même notion. Pour qu’ils puissent remplir ces différents rôles, les vocabulaires doivent être représentés selon un modèle standard. Ils doivent aussi être partagés avec la communauté dans des portails dédiés qui facilite leur réutilisation et leur interconnexion.
FooSIN a choisi de s’intéresser à SKOS car
c’est un modèle créé par le W3C plutôt simple à comprendre,
suffisamment expressif pour gérer des listes et des hiérarchies de concepts,
il permet le multilinguisme,
il est assez facile à intégrer aux systèmes d’information et
bien adapté pour travailler avec des API,
il a gagné une certaine popularité au sein des communautés scientifiques.
SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR
Dans ce premier volet de la série, découvrez en quoi SKOS peut contribuer à votre démarche de mise en œuvre des principes FAIR. Cette ressource vous propose également une introduction à SKOS.
Le Thésaurus de la Viande ou Meat Thesaurus(1) est le résultat d’un travail mené dans le cadre du WP2 du projet FooSIN qui a apporté son expertise et ses outils à une équipe de chercheurs qui souhaitait disposer d’une version numérisée et enrichie du Dictionnaire de la Viande publié en 2012 par l’Académie de la Viande(2).
Ce thésaurus bilingue français-anglais contient plus de 1500 concepts couvrant différents aspects de la filière viande en France : les animaux de boucherie, l’abattage et les découpes, la commercialisation, les préparations culinaires ainsi que la consommation. Cette nouvelle ressource reprend les termes et définitions du Dictionnaire de la Viande dans une nouvelle organisation hiérarchique en 12 branches complétée par des relations associatives.
Extrait du Thésaurus de la Viande / Meat Thésaurus (vue française)
Les usagers de ce thésaurus peuvent donc avoir des profils différents : les professionnels de la filière, les chercheurs, les journalistes, les étudiants ou alors les simples consommateurs voulant s’enquérir des spécificités françaises de la filière viande. Conçu dans une démarche de Science Ouverte, le thésaurus peut être utilisé par des applications informatiques pour indexer ou annoter des objets numériques (documents et des jeux de données par exemple), faire de la fouille texte, de la traduction automatique, etc. Sa représentation suit le standard SKOS (Simple Knowledge Organization Systems), les principes FAIR(3) et est librement réutilisable. Le thésaurus est disponible à la consultation et au téléchargement sur Agroportal (http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T)
Deux articles publiés récemment en français dans la revue Viandes et Produits Carnés(4) et en anglais dans la revue Meat Science(5) expliquent la démarche des auteurs et la méthodologie mise en place, et présentent le contenu du Thésaurus de la Viande. Le thésaurus a également été présenté à la communauté des chercheurs et professionnels de la Viande lors de colloques.
Du dictionnaire au format Word vers le thésaurus en SKOS, étape de transformation et de structuration
Cette réalisation du projet FooSIN s’inscrit dans ses actions pour faciliter la production et le partage de ressources sémantiques FAIR. Les données issues du Dictionnaire de la Viande ont été utilisées pour réaliser un comparatif de 3 outils de transformation de vocabulaires au format tabulé vers le standard SKOS (Lire l’article).
Références
Kombolo, Moise; Hocquette, Jean-François; Landrieu, François; Richon, Brigitte; Aubin, Sophie; Yon, Jérémy, 2022, « Thésaurus de la viande », https://doi.org/10.15454/PB5QXC, Portail Data INRAE, V1
Académie de la viande (2012). Dictionnaire de la viande. Publisher, Autres voix. ISBN, 540 2918237086, 9782918237082
Kombolo, M., Yon, J., Landrieu, F., Richon, B., Aubin, S., & Hocquette, J.-F. (2022). A new semantic resource responding to the principles of open science: The meat thesaurus as an IT tool for dialogue between sector actors. In Meat Science (p. 108849). Elsevier BV. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2022.108849
Les artefacts sémantiques sont des vocabulaires contrôlés exploitables par une machine pour décrire les contenus et exprimer les relations entre eux.
Le projet européen FAIRsFAIR a produit les Recommendations for FAIR Semantics qui proposent 17 recommandations liées à un ou plusieurs des principes FAIR et 10 recommandations de bonnes pratiques pour améliorer le caractère FAIR des artefacts sémantiques.
D’autres productions du projet FAIRsFAIR autour des artefacts sémantiques sont à retrouver sur cette page.
L’atelier organisé par le projet FAIRsFAIR le 4 juin dernier a rassemblé plus de 70 experts intéressés par l’harmonisation et la normalisation des métadonnée pour les ressources sémantiques. La communauté Agriculture/Alimentation utilise plusieurs portails de ressources sémantiques de manière alternative ou complémentaire. L’interopérabilité de ces portails de ressources sémantiques est une question importante pour FooSIN. 3 membres du projet ont participé à cet atelier.
L’objectif de l’atelier était de travailler spécifiquement la recommandation P-Rec 3: « A common minimum metadata schema must be used to describe semantic artefacts and their content. », issue de « FAIR Semantics recommendations» dont la seconde version a été publiée en janvier 2021 et ouverte aux commentaires en ligne.
La solution envisagée s’appuie sur DCAT 2.0 (Data Catalog Vocabulary), cette nouvelle version publiée en 2020 permettant de décrire toute ressource référençable dans un catalogue, les relations entre les ressources ainsi que les services autour des données
Louiz Bonino (Univ Twente/GO FAIR) a donné une rapide introduction DCAT 2.0 ;
Clément Jonquet (LIRMM, Univ Montpellier, partenaire FooSIN) a présenté MOD2, une extension de DCAT pour les ressources sémantiques (en savoir plus) et le travail réalisé dans le groupe de travail RDA Vocabulary and Semantic Services
La séance a permis aux participants de s’exprimer à l’aide de sondages pour identifier l’ensemble minimal des métadonnées utiles afin d’initier un profil DCAT adapté aux ressources sémantiques.
AgroPortal (http://agroportal.lirmm.fr) est un portail public de vocabulaires et d’ontologies dédié à l’agronomie, développé depuis 2016.
En septembre 2020, une nouvelle version du portail est sortie, comprenant plusieurs améliorations techniques ainsi que de nouvelles ressources sémantiques. Actuellement, l’équipe Agroportal développe un service d’évaluation automatique du degré de la mise en œuvre des principes FAIR appliqué aux vocabulaires.
Dans ce contexte, Agroportal lance une enquête en ligne auprès de ses utilisateurs. Cette étude a pour objectif d’identifier les limites et les éventuels points d’amélioration du portail, ainsi que vos attentes vis-à-vis du futur service pour des vocabulaires plus FAIR. Vos réponses fourniront des renseignements importants sur vos besoins.
Le projet FAIRsFAIR organise un atelier sur « FAIR Semantics » pour recueillir les commentaires sur les recommandations qu’il a produites et partagées au printemps : Le Franc, Yann, Parland-von Essen, Jessica, Bonino, Luiz, Lehväslaiho, Heikki, Coen, Gerard, & Staiger, Christine. (2020). D2.2 FAIR Semantics: First recommendations (Version 1.0). FAIRsFAIR. 10.5281/zenodo.3707985
L’atelier aura lieu en ligne le 15 octobre de 13:00 à 17:00 CET.
Si vous souhaitez contribuer mais n’êtes pas disponible le jour de l’atelier, vous pouvez apporter vos commentaires à tout moment dans le répertoire github : https://github.com/FAIRsFAIR/FAIRSemantics
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