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Créer un vocabulaire en SKOS à partir d’un fichier tabulé avec Sheet2RDF dans VocBench

Le dernier volet de notre série d’articles autour de la transformation de vocabulaires tabulés vers une représentation en SKOS est en ligne : Transformer un fichier tabulé en SKOS avec Sheet2RDF (VocBench).

Pour rappel, le projet FooSIN a expérimenté SKOS Play! ConvertirOpenRefine et Sheet2RDF intégré à VocBench et vous propose :

Lisez également l’introduction à SKOS.

AgroHackathon dédié aux outils d’évaluation du niveau FAIR les 29 et 30 août 2022 à Montpellier

Les inscriptions sont ouvertes pour l’atelier AgroHackathon dédié aux outils d’évaluation du niveau FAIR les 29 et 30 août 2022 à Montpellier (campus SupAgro).

L’hackathon prendra la forme d’un concours où les participants “viendront” avec leur ressource (e.g., jeu de données, ressource sémantique) et auront pour challenge d’augmenter le niveau de FAIRness de leur ressource entre le début et la fin du hackathon. 

Les méthodes et outils d’évaluation du niveau FAIR (FAIRness assessment) que nous sollicitons pour l’événement incluent : SHARC, F-UJI, O’FAIRe, FAIRChecker et FOOPS. Des “coach” proposeront d’accompagner les participants en utilisant leur outils (ou d’autres). L’évènement se tiendra en français. 

Cette année, l’AgroHackathon est organisé par le projet ANR FooSIN et soutenu par le Labex NUMEV et l’Institut de Convergence DigitAg ainsi que par l’ANR D2KAB.  L’événement sera suivi d’une cérémonie de remise des prix et d’une restitution publique des réalisations du projet FooSIN. 

Nous vous invitons à vous inscrire dès maintenant et jusqu’au 31 juillet* : https://agrohackathon2022.workshop.inrae.fr/formulaires/inscription.   

Retrouvez en ligne les modalités du hackathon ainsi que le programme : https://agrohackathon2022.workshop.inrae. Dès que possible, pensez à déclarer votre équipe ainsi que la ressource que vous souhaitez évaluer (dans l’espace Soumission).


(*) pour les inscriptions après cette date, nous contacter

Créer un vocabulaire en SKOS à partir d’un fichier tabulé

Découvrez la suite de notre série de ressources autour de SKOS, un test comparatif d’outils pour transformer un fichier tabulé en SKOS.

Utiliser des outils métiers s’appuyant sur SKOS pour visualiser ou éditer un vocabulaire, l’exposer sur un portail publique comme Agroportal ou Loterre ou, de manière plus générale, pour rendre la ressource utilisable dans un système d’information ou par d’autres utilisateurs, en d’autres termes pour le rendre plus FAIR :  plus Facile à trouver (Findable), Accessible, Interopérable, Réutilisable (Reusable), les motivations pour passer à SKOS peuvent varier. Il existe des outils qui facilitent ce travail de transformation et vous assurent d’obtenir une ressource conforme au standard sans nécessairement être un expert en SKOS.

FooSIN a expérimenté SKOS Play! Convertir, OpenRefine et Sheet2RDF intégré à VocBench et vous propose :

 

7ème lettre RDA-France-FAIR : infos de fin d’année à ne pas manquer

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

 

La lettre n°7 contient :

  • Événements
    • Atelier en ligne « FAIR principles in LifeSciences research practice » le 9 décembre
    • Les rencontres autour des enjeux des logiciels libres dans la recherche, 14 et 20 janvier, 3 février
  • A lire !
    • Recommendations for FAIR Data Citation in the Social Sciences and Humanities
    • Un poster en français proposant une méthode de construction de dictionnaire de données
    • Call to Action for Global Access to and Harmonization of Quality Information of Individual Earth Science Datasets
  • A voir !
    • Vidéos de Open Science #OSFAIR2021 : Les vidéos et présentations sont disponibles sur la chaîne Youtube d’OSFAIR et dans zenodo
  • Outils
    • Nouvelle version de DMP Opidor exploitable par les machines
    • Nouveau dans FAIRsharing, le Subject Browser
  • Appel à manifestation d’intérêt
    • Ateliers de la donnée de Recherche Data Gouv
  • Pour information
    • Les Advisory Groups de l’Association EOSC ont commencé leurs travaux

6ème lettre RDA-France-FAIR : ateliers, conférences, outils et fiches pratiques

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

La lettre n°6 contient :

Événements
  • Atelier #RDAFrance “FAIR pour les logiciels scientifiques” (28 juin 2021) et  Journées RDA France (du 11 au 15 octobre)
  • 1ère réunion de la communauté FAIR Digital Objects le 14 octobre
  • Conférence virtuelle SciDataCon du 18 au 28 octobre
  • La dix-huitième réunion plénière de la RDA aura lieu du 3 au 11 novembre.
A voir
  • Atelier public FAIRsFAIR 2021: les présentations sont maintenant disponibles
  • Webinaire sur la découverte du livre de recettes FAIRplus (FAIRplus cookbook): les présentations sont maintenant disponibles
Outils
  • FAIRaware disponible en français
  • Un thésaurus trilingue de la science ouverte
  • Comment mettre en place un plan de gestion des logiciels ?
  • Fiche pratique : Comment sensibiliser les chercheur.e.s en SHS à la gestion des données ?

Pensez à nous communiquer vos actualités autour de la mise en œuvre des principes FAIR en France, en Europe et à l’international. Ecrivez à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr Les informations à « date courte » seront distribuées directement, les autres seront intégrées à la prochaine lettre.

FAIR-Aware, un nouvel outil d’auto-évaluation de ses données – en français !

Les équipes de DoRANum mettent à disposition sur leur plateforme une version française de l’outil FAIR-Aware, développé en 2020 par les partenaires du projet européen FAIRsFAIR (PANGAEA, DANS et le DCC). Cet outil gratuit d’auto-évaluation en ligne a pour objectif de sensibiliser ses utilisateurs à l’importance des principes FAIR dans la gestion et la valorisation de leurs données, en lien avec leur diffusion dans des entrepôts.

Il se présente sous la forme d’un formulaire de 10 questions, consacrées à chacun des principes FAIR, et propose des explications complémentaires et suggestions d’approfondissement sur l’ensemble des thématiques abordées (identifiants pérennes, archivage, etc.), dans le but d’aider ses utilisateurs à mieux comprendre les enjeux d’une bonne gestion de données et de leur fournir des pistes de perfectionnement concrètes.

Quelques questions supplémentaires visent à recueillir l’avis des utilisateurs sur l’outil lui-même, afin de continuer à l’améliorer. Les données compilées lors des complétions du formulaire permettront également de mieux connaître les préoccupations des utilisateurs, et leurs besoins en matière d’accompagnement.

L’outil a été traduit par des membres de l’IRD-Service IST et de l’URFIST de Paris, et mis en ligne grâce au support technique de l’Inist-CNRS. Son code source original est disponible en ligne.

N’hésitez pas à faire connaître FAIR-Aware autour de vous, et à transmettre à Doranum vos retours d’expérience à son sujet !

Pour plus d’informations sur FAIRsFAIR et sur l’origine de FAIR-Aware, n’hésitez pas à consulter le site web du projet. Découvrez également un aperçu de l’outil dans une démonstration vidéo (en anglais).

Source : Justine Ancelin-Fabre pour l’équipe DoRANum et ses partenaires (IRD-service IST et URFIST de Paris)

 

Affiche « Cycle de vie des données : un outil pour améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données »

Au sein du département scientifique « Sciences pour l’action, les transitions, les territoires »  d’INRAE, des spécialistes de la qualité des données (chantier QualiNous) d’une part et du règlement général sur la protection des données (RGPD) d’autre part, se sont associés pour créer une affiche qui permet d’appréhender le cycle de vie des données en vue d’améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données de la recherche :

Veronique Batifol, Laurent Burnel, Aurélie Cardona, François Johany. Affiche « Cycle de vie des données : un outil pour améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données ». 2021, ⟨10.15454/hsc3-b796⟩⟨hal-03204351⟩

 

FooSIN a souhaité partager avec vous cette affiche qui met les principes FAIR au cœur de la démarche de la gestion et de la réutilisation des données. A destination des agents INRAE, les recommandations font certes références à des ressources qui leur sont réservées mais peuvent être source d’inspiration pour tous.

Cette affiche a pour objectif de permettre aux producteurs et gestionnaires de données :

  1. D’appréhender le cycle de vie des données, comme un processus pendant lequel une ou plusieurs personnes interagissent avec les données, de leur création à la publication jusqu’à leur réutilisation ultérieure ;
  2. De repérer les différentes étapes clés de la gestion/mise en qualité/ouverture des données tout au long d’un projet de recherche ;
  3. D’identifier un certain nombre d’outils et de ressources associés aux différentes étapes du cycle de vie pour aider à la gestion des données de la recherche, leur mise en qualité et ouverture. Cette ouverture pouvant se faire dans différents périmètres : du partage dans le collectif du projet jusqu’à l’open data ;
  4. D’identifier pour les données à caractère personnel (DCP) un certain nombre d’actions à mettre en place pour garantir leur mise en conformité avec le Règlement Général pour la Protection des Données (RGPD).

En complément des recommandations faites par les auteurs, FooSIN suggère aux gestionnaires de données qui souhaitent mieux répondre aux principes FAIR d’utiliser :

  • des standards reconnus par leur communauté pour représenter les données, éventuellement des ontologies ;
  • des vocabulaires contrôlés pour les valeurs de propriété ;
  • des catalogues et entrepôts qui mettent en œuvre des schémas de métadonnées standards et les web services permettant de les exploiter.

Ces types de ressources permettent de clarifier voire d’expliciter de manière formelle la sémantique des données et des métadonnées, facilitant ainsi leur découverte (F) et leur réutilisation (R). Pour agir sur l’interopérabilité (I) entre deux jeux de données, deux scénarios possibles :

  • utiliser les mêmes schémas de données et/ou de métadonnées
  • déclarer des correspondances (alignements) entre les schémas de données et/ou de métadonnées utilisés respectivement

Des catalogues comme FAIRsharing, RDA Metadata Directory, Agroportal, Bioportal, etc. permettent de choisir ce type de ressources partagées pour les réutiliser.

 

Agroportal enquête auprès de ses utilisateurs : répondez avant le 11 mars

AgroPortal (http://agroportal.lirmm.fr) est un portail public de vocabulaires et d’ontologies dédié à l’agronomie, développé depuis 2016.

 

En septembre 2020, une nouvelle version du portail est sortie, comprenant plusieurs améliorations techniques ainsi que de nouvelles ressources sémantiques. Actuellement, l’équipe Agroportal développe un service d’évaluation automatique du degré de la mise en œuvre des principes FAIR appliqué aux vocabulaires. 

Dans ce contexte, Agroportal lance une enquête en ligne auprès de ses utilisateurs. Cette étude a pour objectif d’identifier les limites et les éventuels points d’amélioration du portail, ainsi que vos attentes vis-à-vis du futur service pour des vocabulaires plus FAIR. Vos réponses fourniront des renseignements importants sur vos besoins. 

Lien vers l’enquête : https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSffyiSAC7s7pgn8-l3sse4Jmz33C6rtTbSOkMO2RIzl76DSow/viewform

Ce questionnaire ne devrait vous prendre que 15 à 20 minutes. La date limite pour répondre est le 11 mars 2021. 

L’Inist vous invite à un webinaire « DMP OPIDOR »

Le plan de gestion de données est une étape importante pour planifier la mise en oeuvre des principes FAIR pour les données de votre projet

DMP Opidor est recommandé par les partenaires du projet FooSIN et par l’ANR. En vous connectant via la fédération d’identité, vous pourrez avoir accès à l’outil DMP Opidor personnalisé pour votre institut. INRAE par exemple propose différents modèles de plans de gestion de données (PGD ou DMP en anglais), pour un projet ou un labo par exemple. Le Cirad propose un modèle spécifique CIRAD basée sur le modèle H2020.

Ce webinaire d’une heure vous permettra d’avoir une présentation complète de l’outil DMP OPIDoR, outil d’aide à la création en ligne de plans de gestion de données.

Un plan de gestion de données (DMP) est un document qui spécifie quelles données sont collectées ou générées, comment celles-ci sont gérées, partagées et préservées pendant et après un projet. Les équipes de l’Inist vous présentent l’outil DMP OPIDoR, outil d’aide à la création en ligne de plans de gestion de données, et répondent à vos questions !

Deux dates proposées

  • Jeudi 5 novembre 2020 – 10h30/11h30
  • Jeudi 19 novembre 2020 – 14h30/15h30 :

Découvrir le programme et s’inscrire :

https://www.inist.fr/services/accompagner/webinaire/webinaire-dmp-opidor/