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Webinaire de clôture du projet FooSIN

Le projet FooSIN se terminera le 31 octobre prochain. Un webinaire pour présenter les productions du projet aura lieu le 17 octobre de 10h à 12h.

A l’origine en lien avec l’initiative GO FAIR et le Food Systems Implementation Network, le projet avait pour objectifs de :

  1. accélérer la mise en œuvre des principes FAIR au sein de la communauté agroalimentaire française, et
  2. contribuer à positionner la France comme un acteur incontournable dans cette évolution et rendre les actions et productions françaises plus visibles au niveau international.

FooSIN a réalisé des études de cas de FAIRisation pour mesurer le niveau d’assimilation des principes FAIR de leurs porteurs, faire un point sur leurs pratiques et leur proposer des pistes d’améliorations. Le projet s’est notamment intéressé à l’application des principes FAIR aux ressources sémantiques (ontologies, thésaurus…) et données sémantisées (linked data). Un atelier sous forme de Hackathon autour des outils d’évaluation du niveau de conformité aux principes FAIR a été organisé en 2022. Nous reviendrons sur ces réalisations lors du webinaire.

Programme

  • Accueil et introduction
  • Des cas d’étude de FAIRisation
  • Retour sur l’Agrohackathon 2022 : FAIRness assessment
  • Outils pour la production de ressources sémantiques FAIR
  • FAIRisation avec des outils Linked Data pour AgroLD
  • Perspectives : le projet FAIR-IMPACT

Ajout (27/10/2022) : La captation du webinaire est accessible ici.

Evénement, FooSIN

Nouveau cas d’étude FooSIN : la FAIRification du Glossaire de panification au levain naturel

D’abord publié sous la forme d’un ouvrage par les éditions Quae (ISBN : 978-2-7592-3166-9), le glossaire de panification au levain naturel a été transposé en SKOS, un format exploitable par les applications informatiques, et publié en prenant en compte les principes FAIR avec l’appui du projet ANR FooSIN (https://anr.fr/Projet-ANR-19-DATA-0019).

Avec ce nouveau mode de publication du glossaire, les auteurs ont souhaité :

    • Améliorer la visibilité de ce glossaire dont le contenu montre la valeur de la recherche participative et apporte à tous les savoirs co-construits autour de la filière boulangerie française au levain.
    • Rendre le contenu exploitable par des applications informatiques en en faisant une ressource terminologique en ligne représentée selon les standards du web sémantique et disponible via des APIs.

Découvrez le processus de FAIRification d’un ouvrage en EPUB vers un glossaire en SKOS : les informations sélectionnées, les choix de représentation et les outils utilisés : FAIRification du Glossaire de panification au levain naturel

Cas d'étude, FooSIN, Sémantique

Votre avis sur la lettre d’information RDA-France-FAIR

La lettre RDA-France-FAIR, initiée par le projet FooSIN en collaboration avec RDA France, fêtera bientôt ses 2 ans.

Nous souhaiterions en savoir plus sur la manière dont la communauté la perçoit et l’utilise.

Que vous soyez lecteur régulier ou ponctuel, nous vous invitons à vous rendre à cette adresse* et à répondre aux 8 questions. Cela ne vous prendra que quelques minutes.

Ce sondage restera ouvert jusqu’au 15 septembre. Il n’est pas nominatif.

Retrouvez les archives de la lettre sur le site RDA.

Communauté, FooSIN, Lettre France FAIR

Créer un vocabulaire en SKOS à partir d’un fichier tabulé avec Sheet2RDF dans VocBench

Le dernier volet de notre série d’articles autour de la transformation de vocabulaires tabulés vers une représentation en SKOS est en ligne : Transformer un fichier tabulé en SKOS avec Sheet2RDF (VocBench).

Pour rappel, le projet FooSIN a expérimenté SKOS Play! Convertir, OpenRefine et Sheet2RDF intégré à VocBench et vous propose :

Lisez également l’introduction à SKOS.

FooSIN, Outils, Résultats, Sémantique

Retour sur le 3ème AgroHackathon dédié au FAIRness assessment

Le projet ANR FooSIN, en collaboration avec le projet ANR D2KAB, a organisé le 3ème AgroHackathon les 29 et 30 août à l’Institut Agro Montpellier : https://agrohackathon2022.workshop.inrae.fr/

L’événement était soutenu par INRAE, DigitAg et le Labex NUMEV. Il a rassemblé 27 participants : 6 coaches et 11 équipes en compétitions. 

La vingtaine de participants a pu tester 6 outils et méthodes d’évaluation du niveau de FAIRness (ou conformité aux principes FAIR) sur des ressources de leur choix. Accompagnés de 6 coachs impliqués directement dans le développement des outils et méthodes, les participants ont calculé un premier score. Avec l’aide des coachs, ils ont ensuite retravaillé la description  des ressources, en particulier les métadonnées, afin d’améliorer ce score. Le classement final a consacré les équipes qui ont obtenu le plus différentiel le plus élevé entre le score initial et le score final.En savoir plus

Evénement, FooSIN

AgroHackathon dédié aux outils d’évaluation du niveau FAIR les 29 et 30 août 2022 à Montpellier

Les inscriptions sont ouvertes pour l’atelier AgroHackathon dédié aux outils d’évaluation du niveau FAIR les 29 et 30 août 2022 à Montpellier (campus SupAgro).

L’hackathon prendra la forme d’un concours où les participants “viendront” avec leur ressource (e.g., jeu de données, ressource sémantique) et auront pour challenge d’augmenter le niveau de FAIRness de leur ressource entre le début et la fin du hackathon. 

Les méthodes et outils d’évaluation du niveau FAIR (FAIRness assessment) que nous sollicitons pour l’événement incluent : SHARC, F-UJI, O’FAIRe, FAIRChecker et FOOPS. Des “coach” proposeront d’accompagner les participants en utilisant leur outils (ou d’autres). L’évènement se tiendra en français. 

Cette année, l’AgroHackathon est organisé par le projet ANR FooSIN et soutenu par le Labex NUMEV et l’Institut de Convergence DigitAg ainsi que par l’ANR D2KAB.  L’événement sera suivi d’une cérémonie de remise des prix et d’une restitution publique des réalisations du projet FooSIN. 

Nous vous invitons à vous inscrire dès maintenant et jusqu’au 31 juillet* : https://agrohackathon2022.workshop.inrae.fr/formulaires/inscription.   

Retrouvez en ligne les modalités du hackathon ainsi que le programme : https://agrohackathon2022.workshop.inrae. Dès que possible, pensez à déclarer votre équipe ainsi que la ressource que vous souhaitez évaluer (dans l’espace Soumission).


(*) pour les inscriptions après cette date, nous contacter

Evénement, FooSIN, Outils

Créer un vocabulaire en SKOS à partir d’un fichier tabulé

Découvrez la suite de notre série de ressources autour de SKOS, un test comparatif d’outils pour transformer un fichier tabulé en SKOS.

Utiliser des outils métiers s’appuyant sur SKOS pour visualiser ou éditer un vocabulaire, l’exposer sur un portail publique comme Agroportal ou Loterre ou, de manière plus générale, pour rendre la ressource utilisable dans un système d’information ou par d’autres utilisateurs, en d’autres termes pour le rendre plus FAIR :  plus Facile à trouver (Findable), Accessible, Interopérable, Réutilisable (Reusable), les motivations pour passer à SKOS peuvent varier. Il existe des outils qui facilitent ce travail de transformation et vous assurent d’obtenir une ressource conforme au standard sans nécessairement être un expert en SKOS.

FooSIN a expérimenté SKOS Play! Convertir, OpenRefine et Sheet2RDF intégré à VocBench et vous propose :

 

FooSIN, Outils, Résultats

SKOS, un allié pour les principes FAIR

Le projet FooSIN inaugure aujourd’hui une série de ressources en lignes autour de SKOS, un modèle RDF standard pour représenter et échanger des vocabulaires simples.

En effet, les vocabulaires et autres référentiels terminologiques jouent un rôle important dans le cycle de vie de la donnée et contribuent à la mise en œuvre des principes FAIR.

Ils permettent de documenter les objets étudiés, les variables enregistrées dans les bases de données, les méthodes utilisées dans le cadre des expérimentations… Ils facilitent la recherche et la réutilisation des jeux de données et des publications par exemple. Les vocabulaires participent également à réaliser l’interopérabilité sémantique des objets numériques et des systèmes d’information qui les stockent et les exposent. Ils permettent de savoir si deux systèmes font référence ou non à une même notion. Pour qu’ils puissent remplir ces différents rôles, les vocabulaires doivent être représentés selon un modèle standard. Ils doivent aussi être partagés avec la communauté dans des portails dédiés qui facilite leur réutilisation et leur interconnexion.

FooSIN a choisi de s’intéresser à SKOS car

  • c’est un modèle créé par le W3C plutôt simple à comprendre,
  • suffisamment expressif pour gérer des listes et des hiérarchies de concepts,
  • il permet le multilinguisme,
  • il est assez facile à intégrer aux systèmes d’information et
  • bien adapté pour travailler avec des API,
  • il a gagné une certaine popularité au sein des communautés scientifiques.

SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR

Dans ce premier volet de la série, découvrez en quoi SKOS peut contribuer à votre démarche de mise en œuvre des principes FAIR. Cette ressource vous propose également une introduction à SKOS.

Accéder à la ressource en ligne : SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR

FooSIN, Résultats, Sémantique

Le Thésaurus de la Viande : une ressource sémantique FAIR pour la filière

Le Thésaurus de la Viande ou Meat Thesaurus(1) est le résultat d’un travail mené dans le cadre du WP2 du projet FooSIN qui a apporté son expertise et ses outils à une équipe de chercheurs qui souhaitait disposer d’une version numérisée et enrichie du Dictionnaire de la Viande publié en 2012 par l’Académie de la Viande(2).

Ce thésaurus bilingue français-anglais contient plus de 1500 concepts couvrant différents aspects de la filière viande en France : les animaux de boucherie, l’abattage et les découpes, la commercialisation, les préparations culinaires ainsi que la consommation.  Cette nouvelle ressource reprend les termes et définitions du Dictionnaire de la Viande dans une nouvelle organisation hiérarchique en 12 branches complétée par des relations associatives.

Extrait du Thésaurus de la Viande / Meat Thésaurus (vue française)

Les usagers de ce thésaurus peuvent donc avoir des profils différents : les professionnels de la filière, les chercheurs, les journalistes, les étudiants ou alors les simples consommateurs voulant s’enquérir des spécificités françaises de la filière viande. Conçu dans une démarche de Science Ouverte, le thésaurus peut être utilisé par des applications informatiques pour indexer ou annoter des objets numériques (documents et des jeux de données par exemple), faire de la fouille texte, de la traduction automatique, etc. Sa représentation suit le standard SKOS (Simple Knowledge Organization Systems), les principes FAIR(3) et est librement réutilisable. Le thésaurus est disponible à la consultation et au téléchargement sur Agroportal  (http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T)

Deux articles publiés récemment en français dans la revue Viandes et Produits Carnés(4) et en anglais dans la revue Meat Science(5) expliquent la démarche des auteurs et la méthodologie mise en place, et présentent le contenu du Thésaurus de la Viande. Le thésaurus a également été présenté à la communauté des chercheurs et professionnels de la Viande lors de colloques.

Du dictionnaire au format Word vers le thésaurus en SKOS, étape de transformation et de structuration

Cette réalisation du projet FooSIN s’inscrit dans ses actions pour faciliter la production et le partage de ressources sémantiques FAIR. Les données issues du Dictionnaire de la Viande ont été utilisées pour réaliser un comparatif de 3 outils de transformation de vocabulaires au format tabulé vers le standard SKOS (Lire l’article).

Références

  1. Kombolo, Moise; Hocquette, Jean-François; Landrieu, François; Richon, Brigitte; Aubin, Sophie; Yon, Jérémy, 2022, « Thésaurus de la viande », https://doi.org/10.15454/PB5QXC, Portail Data INRAE, V1
  2. Académie de la viande (2012). Dictionnaire de la viande. Publisher, Autres voix. ISBN, 540 2918237086, 9782918237082
  3. SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR, projet FooSIN, 2022. https://vocabulaires-ouverts.inrae.fr/skos-un-standard-pour-une-ressource-semantique-simple-et-fair/
  4. Moise Kombolo, Jérémy Yon, François Landrieu, Brigitte Richon, Sophie Aubin, Jean-François Hocquette, 2022, Le Thésaurus de la viande : un nouvel outil accessible à tous VPC-2022-3814 https://www.viandesetproduitscarnes.fr/index.php/process-et-technologies/6-le-thesaurus-de-la-viande-un-nouvel-outil-accessible-a-tous
  5. Kombolo, M., Yon, J., Landrieu, F., Richon, B., Aubin, S., & Hocquette, J.-F. (2022). A new semantic resource responding to the principles of open science: The meat thesaurus as an IT tool for dialogue between sector actors. In Meat Science (p. 108849). Elsevier BV. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2022.108849
FooSIN, Résultats, Sémantique

Nouveau cas d’étude FooSIN : « Itinéraire FAIR d’une carte d’occupation des sols »

Le projet FooSIN a cette fois examiné l’itinéraire FAIR d’une carte d’occupation des sols produite pour le projet GABiR, Gestion Agricole des Biomasses à l’échelle de l’Ile de la Réunion (2017-2020) par l’unité mixte de recherche Tetis  – Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale.

Motivations, méthodes et outils de FAIRisation et pistes d’améliorations sont à retrouver dans l’article publié sur notre site.

Cas d'étude, FooSIN