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Le Thésaurus de la Viande : une ressource sémantique FAIR pour la filière

Le Thésaurus de la Viande ou Meat Thesaurus(1) est le résultat d’un travail mené dans le cadre du WP2 du projet FooSIN qui a apporté son expertise et ses outils à une équipe de chercheurs qui souhaitait disposer d’une version numérisée et enrichie du Dictionnaire de la Viande publié en 2012 par l’Académie de la Viande(2).

Ce thésaurus bilingue français-anglais contient plus de 1500 concepts couvrant différents aspects de la filière viande en France : les animaux de boucherie, l’abattage et les découpes, la commercialisation, les préparations culinaires ainsi que la consommation.  Cette nouvelle ressource reprend les termes et définitions du Dictionnaire de la Viande dans une nouvelle organisation hiérarchique en 12 branches complétée par des relations associatives.

Extrait du Thésaurus de la Viande / Meat Thésaurus (vue française)

Les usagers de ce thésaurus peuvent donc avoir des profils différents : les professionnels de la filière, les chercheurs, les journalistes, les étudiants ou alors les simples consommateurs voulant s’enquérir des spécificités françaises de la filière viande. Conçu dans une démarche de Science Ouverte, le thésaurus peut être utilisé par des applications informatiques pour indexer ou annoter des objets numériques (documents et des jeux de données par exemple), faire de la fouille texte, de la traduction automatique, etc. Sa représentation suit le standard SKOS (Simple Knowledge Organization Systems), les principes FAIR(3) et est librement réutilisable. Le thésaurus est disponible à la consultation et au téléchargement sur Agroportal  (http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T)

Deux articles publiés récemment en français dans la revue Viandes et Produits Carnés(4) et en anglais dans la revue Meat Science(5) expliquent la démarche des auteurs et la méthodologie mise en place, et présentent le contenu du Thésaurus de la Viande. Le thésaurus a également été présenté à la communauté des chercheurs et professionnels de la Viande lors de colloques.

Du dictionnaire au format Word vers le thésaurus en SKOS, étape de transformation et de structuration

Cette réalisation du projet FooSIN s’inscrit dans ses actions pour faciliter la production et le partage de ressources sémantiques FAIR. Les données issues du Dictionnaire de la Viande ont été utilisées pour réaliser un comparatif de 3 outils de transformation de vocabulaires au format tabulé vers le standard SKOS (Lire l’article).

Références

  1. Kombolo, Moise; Hocquette, Jean-François; Landrieu, François; Richon, Brigitte; Aubin, Sophie; Yon, Jérémy, 2022, « Thésaurus de la viande », https://doi.org/10.15454/PB5QXC, Portail Data INRAE, V1
  2. Académie de la viande (2012). Dictionnaire de la viande. Publisher, Autres voix. ISBN, 540 2918237086, 9782918237082
  3. SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR, projet FooSIN, 2022. https://vocabulaires-ouverts.inrae.fr/skos-un-standard-pour-une-ressource-semantique-simple-et-fair/
  4. Moise Kombolo, Jérémy Yon, François Landrieu, Brigitte Richon, Sophie Aubin, Jean-François Hocquette, 2022, Le Thésaurus de la viande : un nouvel outil accessible à tous VPC-2022-3814 https://www.viandesetproduitscarnes.fr/index.php/process-et-technologies/6-le-thesaurus-de-la-viande-un-nouvel-outil-accessible-a-tous
  5. Kombolo, M., Yon, J., Landrieu, F., Richon, B., Aubin, S., & Hocquette, J.-F. (2022). A new semantic resource responding to the principles of open science: The meat thesaurus as an IT tool for dialogue between sector actors. In Meat Science (p. 108849). Elsevier BV. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2022.108849

12ème lettre RDA-France-FAIR : Nouvelles de la RDA, événements, vidéos, outils et lectures

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

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La lettre n°12 contient :

  • Nouvelles de la RDA et de RDA France
    • Prise en charge des frais d’inscription à la dix-neuvième réunion plénière de la RDA (20-24 juin) – date limite 27 mai
    • Atelier/webinaire La Certification pour Débutants, le 10 juin
  •  Événements
    • Atelier Traduction des principes « FAIR Principles for Research Software » (FAIR4RS) le 27 mai de 9h à 13h
    • 3ème Agrohackathon, consacré aux outils de mesure de la conformité aux principes FAIR, les 29 et 30 août à SupAgro Montpellier
  • A voir !
    • Webinaire sur les Principes FAIR et l’ouverture des données de la recherche
    • Webinaire autour des outils et ressources de DataCite et Make Data Count pour les métriques d’usage des données
  • Se former
    • Cours introductif sur les métadonnées par Doranum
    • Cours introductif sur le plan de gestion de données (PGD) par Doranum
  • Outil
    • FAIR EVA (Evaluator, Validator & Advisor), un outil d’évaluation du niveau de FAIRness de données
  • A lire !
    • Rapport : Maximising investments in health research : FAIR data for a coordinated COVID-19 response

Continuez à faire connaître la liste RDA France FAIR dans vos réseaux en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info 

Vous aussi, partagez vos informations et actualités (événements publics, articles, recommandations, outils…) autour de la mise en œuvre des principes FAIR en France, en Europe et à l’international. Ecrivez à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr

Lettre spéciale : Les productions du projet FAIRsFAIR

Le projet FAIRsFAIR (https://fairsfair.eu), qui a été financé par la Commission Européenne de mars 2019 à février 2022, avait pour objectif de proposer des solutions pour la mise en œuvre des principes FAIR tout au long du cycle de vie des données, l’accent étant mis sur la construction d’une culture de FAIR et l’adoption de bonnes pratiques.

Les produits du projet sont publics, et vous pouvez consulter la collection qui rassemble dans Zenodo les documents produits par le projet (https://zenodo.org/communities/fairsfair/). Cette collection compte plus de 180 éléments. Nous en avons extrait quelques exemples des résultats du projet (documents de politique, recommandations, rapports, outils…) à retrouver en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

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De l’importance des artefacts sémantiques pour soutenir la recherche FAIR

Les artefacts sémantiques sont des vocabulaires contrôlés exploitables par une machine pour décrire les contenus et exprimer les relations entre eux.

Le projet européen FAIRsFAIR a produit  les Recommendations for FAIR Semantics qui proposent 17 recommandations liées à un ou plusieurs des principes FAIR et 10 recommandations de bonnes pratiques pour améliorer le caractère FAIR des artefacts sémantiques.

D’autres productions du projet FAIRsFAIR autour des artefacts sémantiques sont à retrouver sur cette page.

Nouveau cas d’étude FooSIN : « Itinéraire FAIR d’une carte d’occupation des sols »

Le projet FooSIN a cette fois examiné l’itinéraire FAIR d’une carte d’occupation des sols produite pour le projet GABiR, Gestion Agricole des Biomasses à l’échelle de l’Ile de la Réunion (2017-2020) par l’unité mixte de recherche Tetis  – Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale.

Motivations, méthodes et outils de FAIRisation et pistes d’améliorations sont à retrouver dans l’article publié sur notre site.

Enquête AgBioData : les entrepôts de données génomiques, génétiques et de sélection sont-ils FAIR ?

Le Consortium AgBioData (https://www.agbiodata.org) invite les utilisateurs des banques de données suivantes :

Agbase, AgroPortal, Alfalfa Breeders Toolbox, Animal QTLdb, Bovine Genome Database, CassavaBase, Citrus Genome Database, CottonGen, CyVerse, EBS (Enterprise Breeding System), Genome Database for Rosaceae, Genome Database for Vaccinium, GOBii, GrainGenes, Gramene, GRIN, Hardwood Genomics, Hymenoptera Genome Database, i5k Workspace@NAL, KitBase, Legume Information System, MaizeGDB, MusaBase, National Animal Disease Center, PeanutBase, Planteome, Pulse Crop Database, Sol Genomics Network, SorghumBase, SoyBase, SweetPotatoBase, TAIR, TreeGenes, Triticeae toolbox, T3, YamBase

à répondre à une enquête concernant les pratiques de curation des données génomiques et génétiques et leur amélioration au bénéfice des programmes de recherche et de sélection agricole.

L’enquête prend une dizaine de minutes. Elle est anonyme et vos réponses seront utilisées pour définir les futurs objectifs et solutions d’AgBioData en matière de gestion des données dans le secteur agricole.

Si vous êtes prêt à participer, veuillez soumettre vos réponses ici avant le 9 mai 2022.

 

Lettre n°10 : Appel à contributions, événements et enregistrements vidéo

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici. Nous recherchons des collaborateurs pour la lettre. Si vous êtes intéressé(e), contactez-nous.

La lettre n°10 contient :

  • Appels à contributions
    • Appel à posters pour la prochaine réunion plénière de la RDA : date limite le 15 avril 2022
  • Événements
    • 28 mars : Webinaire sur les métadonnées DDI Working Together with Other Standards 
    • 31 mars : GOSC DataIO Webinar on the emerging Core Interoperability Framework
    • 4 et 5 avril: Journées EOSC-France
    • 6 et 7 avril : Conférence finale du projet SSHOC
    • 21 avril : Webinaire Things you need to know about Data Access Statements.
    • 17 mai à Berlin, Allemagne : 3ème Forum FAIRplus SME and Innovation
    • 7-10 juin à Göteborg, Suède et en distanciel : Conférence IASSIST 2022 Data by Design: Building a Sustainable Data Culture
  • A voir !
    • Open Science European Conference 2022 (4 et 5 février)
    • Webinaire Value and limitations of FAIR assessment tools (8 février)

Lire la lettre n°10.

Continuez à faire connaître la liste RDA France FAIR dans vos réseaux en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info 

Vous aussi, partagez vos informations et actualités (événements publics, articles, recommandations, outils…) autour de la mise en œuvre des principes FAIR en France, en Europe et à l’international. Ecrivez à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr 

9ème lettre FAIR : Focus sur FAIR à la plénière RDA et autres informations

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

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La lettre n°9 contient :

  • Les enregistrements des sessions de la dix-huitième Réunion Plénière de la Research Data Alliance sont disponibles. Nous avons sélectionné les sessions plus particulièrement centrées sur la définition et l’implémentation de FAIR.
  • Événements
      • International Digital Curation Conference (IDCC22), du 13 au 16 juin 2022. Soumission de propositions de contribution jusqu’au 8 mars.
      • Dix-neuvième réunion plénière de la RDA, du 20 au 23 juin 2022. Appel à proposition de sessions jusqu’au 24 février.
  • Pour information
    • Sélection du projet FAIR Impact par la Commission Européenne
  • A voir !
      • Cours introductif sur le métier et les compétences de Curateur des Données/Data Steward, proposé par FAIRsFAIR et EOSC Synergy
      • “Using DCAT (Data Catalogue Vocabulary) to support metadata catalogue integration”, webinaire du projet FAIRsFAIR
      • “FAIR Data Management Gaps and Solutions”, webinaire de DICE et EOSC Pillar 
  • A lire
    • “Ten simple rules for improving research data discovery”, Contaxis et al., 2022

Nous recherchons des collègues qui seraient volontaires pour animer cette liste avec nous. Si vous êtes intéressé.es, contactez-nous à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr 

Continuez à faire connaître la liste RDA France FAIR dans vos réseaux en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info 

Vous aussi, partagez vos informations et actualités (événements publics, articles, recommandations, outils…) autour de la mise en œuvre des principes FAIR en France, en Europe et à l’international. Ecrivez à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr

Info Formation “FAIR data : Science Ouverte et PGD »

Dna, docteur, laboratoire, hélix, la biologie, génétique, code, science, Genome, Chromosomes, gène, la vie, médical, information, rapport, aide, recherche, microbiologie, médicament, santé, illustration, dessin animé, Police de caractère, art, conception graphique, animation, sourire, personnage fictif, style, Images Gratuites In PxHereLes plateformes  ARTbio, Migale, PlantBioinfoPF, l’Institut Français de Bioinformatique et l’Institut Pasteur Paris organisent une édition Francilienne de la formation “FAIR data : Science Ouverte et PGDComment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé” en présentiel à Paris (campus Sorbonne Université),  les 22 et 23 Mars 2022.

Cette formation s’adresse à l’ensemble des personnels scientifiques confrontés à la gestion de jeux de données en sciences de la vie et de la santé et souhaitant mettre en œuvre les principes « FAIR » tout au long du déroulement d’un projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche. Elle présentera sous forme de séances pratiques et interactives les ressources accessibles à la communauté scientifique, en particulier dans le domaine des sciences de la vie et de la santé, ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.

Cette session est ouverte à tout public, sans pré-requis ni expérience préalable d’outils de gestion de jeux de données, mais souhaitant monter en compétences sur cette thématique. Toutefois, pour cette session Francilienne, la priorité sera donnée au parisiens et aux régions parisiennes. 

Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires. Il faut remplir le formulaire suivant au plus tard pour le 1er mars prochain :

INSCRIPTION À LA FORMATION FAIR DATA

EN SAVOIR PLUS SUR LA FORMATION

7ème lettre RDA-France-FAIR : infos de fin d’année à ne pas manquer

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

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La lettre n°7 contient :

  • Événements
    • Atelier en ligne « FAIR principles in LifeSciences research practice » le 9 décembre
    • Les rencontres autour des enjeux des logiciels libres dans la recherche, 14 et 20 janvier, 3 février
  • A lire !
    • Recommendations for FAIR Data Citation in the Social Sciences and Humanities
    • Un poster en français proposant une méthode de construction de dictionnaire de données
    • Call to Action for Global Access to and Harmonization of Quality Information of Individual Earth Science Datasets
  • A voir !
    • Vidéos de Open Science #OSFAIR2021 : Les vidéos et présentations sont disponibles sur la chaîne Youtube d’OSFAIR et dans zenodo
  • Outils
    • Nouvelle version de DMP Opidor exploitable par les machines
    • Nouveau dans FAIRsharing, le Subject Browser
  • Appel à manifestation d’intérêt
    • Ateliers de la donnée de Recherche Data Gouv
  • Pour information
    • Les Advisory Groups de l’Association EOSC ont commencé leurs travaux