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Rapport FooSIN sur les formations en relation avec les principes FAIR

Le rapport sur les formations FAIR (D3.1) réalisé dans le cadre du projet FooSIN est disponible (https://hal.inrae.fr/hal-03260886). Les résultats (47 enregistrements) proviennent d’une enquête menée au second semestre 2020 auprès des organisations partenaires du projet, complétée par une recherche sur Internet. Le rapport identifie les actions de formation en rapport avec les principes FAIR et met en lumière les sujets peu ou pas traité, à savoir :

  • Nettoyage des données,
  • Web sémantique, linked data,
  • Ontologies, vocabulaires,
  • Implémentation des principes dans un domaine particulier,
  • Open source (forges logicielles),
  • Services web, API.

Classement des sujets selon leur nombre d’occurrences sur l’ensemble des formations

L’étude s’intéresse à d’autres aspects : généricité vs spécificité au domaine, modalité et durée des formations, langue, niveau des pré-requis et type de contenu. En savoir plus.

 

Métadonnées minimales pour les ressources sémantiques

L’atelier organisé par le projet FAIRsFAIR le 4 juin dernier a rassemblé plus de 70 experts intéressés par l’harmonisation et la normalisation des métadonnée pour les ressources sémantiques. La communauté Agriculture/Alimentation utilise plusieurs portails de ressources sémantiques de manière alternative ou complémentaire. L’interopérabilité de ces portails de ressources sémantiques est une question importante pour FooSIN. 3 membres du projet ont participé à cet atelier.

L’objectif de l’atelier était de travailler spécifiquement la recommandation P-Rec 3: « A common minimum metadata schema must be used to describe semantic artefacts and their content. », issue de « FAIR Semantics recommendations» dont la seconde version a été publiée en janvier 2021 et ouverte aux commentaires en ligne.

La solution envisagée s’appuie sur DCAT 2.0 (Data Catalog Vocabulary), cette nouvelle version publiée en 2020 permettant de décrire toute ressource référençable dans un catalogue, les relations entre les ressources ainsi que les services autour des données

  • Louiz Bonino (Univ Twente/GO FAIR) a donné une rapide introduction DCAT 2.0 ;
  • Clément Jonquet (LIRMM, Univ Montpellier, partenaire FooSIN) a présenté MOD2, une extension de DCAT pour les ressources sémantiques (en savoir plus) et le travail réalisé dans le groupe de travail RDA Vocabulary and Semantic Services

La séance a permis aux participants de s’exprimer à l’aide de sondages pour identifier l’ensemble minimal des métadonnées utiles afin d’initier un profil DCAT adapté aux ressources sémantiques.

Découvrir les travaux de FAIRsFAIR autour de Sémantique, intéropérabilité et services.
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Appel à témoin : Racontez votre expérience d’utilisation d’AGROVOC

AGROVOC a 40 ans ! La FAO souhaite recueillir des expériences sur la façon dont AGROVOC est utilisé et par qui. Les organisations qui utilisent le thésaurus AGROVOC sont invitées à raconter comment le plus grand ensemble contrôlé de concepts agricoles au monde a fait la différence dans leur travail.

Vous pouvez envoyer avant le 17 juin un texte (300 mots) ou une courte vidéo en anglais décrivant qui vous êtes et comment votre organisation interagit avec le thésaurus agricole de la FAO.

Les cas les plus intéressants pourront être présentés lors du “AGROVOC Annual Event” qui aura lieu le 29 Juin 2021.

Accès à l’appel : http://www.fao.org/agrovoc/fr/news/call-case-studies-tell-us-about-your-experience-using-agrovoc 

5ème lettre RDA-France-FAIR : Événements, lecture et appel à manifestation d’intérêt

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

La lettre n°5 contient :

Événements

  • 28 mai 2021, 1h du matin: “Versioning Data Is About More than Revisions: A Conceptual Framework and Proposed Principles”, présentation des résultats du Groupe de Travail RDA Data Versioning.
  • 4 juin, 9h30: Atelier “Common Minimum Metadata for Semantic Artefacts”, organisé par le projet FAIRsFAIR.
  • 15-18 juin 2021: EOSC Symposium 2021
  • 28 juin 2021, 14h: Atelier RDA France sur les travaux et les propositions du Groupe de Travail RDA FAIR for Research Software, animé par Morane Gruenpeter

A lire !

  • “A Controlled Vocabulary and Metadata Schema for Materials Science Data Discovery”, et “Implementing a Registry Federation for Materials Science Discovery”, résultats du Groupe de Travail International Materials Resource Registry de la RDA.

Appel à manifestation d’intérêt

  • Participation à des tests du RDA FAIR Data Maturity Model organisés par RDA France.

Lire la 5ème lettre RDA-France-FAIR.

Faites connaître la liste dans vos réseau en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner  : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info

Affiche “Cycle de vie des données : un outil pour améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données”

Au sein du département scientifique “Sciences pour l’action, les transitions, les territoires”  d’INRAE, des spécialistes de la qualité des données (chantier QualiNous) d’une part et du règlement général sur la protection des données (RGPD) d’autre part, se sont associés pour créer une affiche qui permet d’appréhender le cycle de vie des données en vue d’améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données de la recherche :

Veronique Batifol, Laurent Burnel, Aurélie Cardona, François Johany. Affiche « Cycle de vie des données : un outil pour améliorer la gestion, la mise en qualité et l’ouverture des données ». 2021, ⟨10.15454/hsc3-b796⟩⟨hal-03204351⟩

 

FooSIN a souhaité partager avec vous cette affiche qui met les principes FAIR au cœur de la démarche de la gestion et de la réutilisation des données. A destination des agents INRAE, les recommandations font certes références à des ressources qui leur sont réservées mais peuvent être source d’inspiration pour tous.

Cette affiche a pour objectif de permettre aux producteurs et gestionnaires de données :

  1. D’appréhender le cycle de vie des données, comme un processus pendant lequel une ou plusieurs personnes interagissent avec les données, de leur création à la publication jusqu’à leur réutilisation ultérieure ;
  2. De repérer les différentes étapes clés de la gestion/mise en qualité/ouverture des données tout au long d’un projet de recherche ;
  3. D’identifier un certain nombre d’outils et de ressources associés aux différentes étapes du cycle de vie pour aider à la gestion des données de la recherche, leur mise en qualité et ouverture. Cette ouverture pouvant se faire dans différents périmètres : du partage dans le collectif du projet jusqu’à l’open data ;
  4. D’identifier pour les données à caractère personnel (DCP) un certain nombre d’actions à mettre en place pour garantir leur mise en conformité avec le Règlement Général pour la Protection des Données (RGPD).

En complément des recommandations faites par les auteurs, FooSIN suggère aux gestionnaires de données qui souhaitent mieux répondre aux principes FAIR d’utiliser :

  • des standards reconnus par leur communauté pour représenter les données, éventuellement des ontologies ;
  • des vocabulaires contrôlés pour les valeurs de propriété ;
  • des catalogues et entrepôts qui mettent en œuvre des schémas de métadonnées standards et les web services permettant de les exploiter.

Ces types de ressources permettent de clarifier voire d’expliciter de manière formelle la sémantique des données et des métadonnées, facilitant ainsi leur découverte (F) et leur réutilisation (R). Pour agir sur l’interopérabilité (I) entre deux jeux de données, deux scénarios possibles :

  • utiliser les mêmes schémas de données et/ou de métadonnées
  • déclarer des correspondances (alignements) entre les schémas de données et/ou de métadonnées utilisés respectivement

Des catalogues comme FAIRsharing, RDA Metadata Directory, Agroportal, Bioportal, etc. permettent de choisir ce type de ressources partagées pour les réutiliser.

 

4ème lettre RDA-France-FAIR : Evénements, outils, lectures et formations autour des principes FAIR

Cette lettre et les précédentes sont consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

La lettre n°4 contient :

Événements

  • 11 mai à 14h – Webinaire RDA France sur la plateforme nationale fédérée des données de la recherche.
  • 26 mai 14h – 15h Webinaire du projet FAIRplus: “Discovering the FAIR Cookbook
  • 21-23 juin : FAIR Festival 2021, organisé par GO-FAIR, en distanciel

Outils

  • L’Université de Montpellier propose son modèle de Plan de Gestion de Données
  • Entrepôt de données Dataverse :  Martine Barale présente “La gestion et la valorisation des données de recherche : l’exemple du Dataverse du Cirad”
  • Les plans de gestion des données sont référençables dans ORCID

A lire !

  • “Qu’est-ce que le travail scientifique des données ? Big data, little data, no data” – la traduction en français du livre de référence de Christine Borgman
  • Livre blanc sur “Research Data : The Future of FAIR”
  • “Comment rendre son logiciel plus FAIR” par le blog Open Science de l’Institut Pasteur

Se former

  • du 14 au 17/6 : cours sur “Best practices in research data management and stewardship” dans le domaine biomédical, proposé par Elixir Luxembourg
  • Découvrez les modules d’auto-formation de DoRANum 
  • Un aperçu des principaux parcours de formation et ressources pédagogiques dans les domaines de la gestion des données et de la Science Ouverte, par le projet FAIRsFAIR

Lire la 4ème lettre RDA-France-FAIR.

Faites connaître la liste dans vos réseau en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner  : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info

De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR

>> GO CHANGE : 1er cas d’étude FooSIN autour de 2 portails terminologiques

Nous demandons à des acteurs de la communauté scientifique dans les domaines de l’agriculture et l’agro-alimentaire de partager leur retour d’expérience des pratiques FAIR sur des cas d’étude portant sur des jeux de données, bases de données, ressources sémantiques, logiciels, services, etc.

Les portails terminologiques TermSciences et Loterre exposent des terminologies produites par l’Inra (aujourd’hui INRAE) potentiellement intéressantes pour annoter ou documenter des données. Nous avons voulu savoir quels avancées apporte Loterre vis-à-vis de TermSciences en les considérant sous le prisme des principes FAIR.

Lisez l’interview sur notre site ou téléchargez le document sur HAL.

Nous remercions les concepteurs et administrateurs de TermSciences et Loterre de nous avoir ouvert leurs portails et de s’être prêtés à l’exercice d’analyse de leur adhérence aux principes FAIR.

Majid Khayari, Véronique Reszetko, Dominique Vachez, Nathalie Vedovotto, Jérémy Yon, et al.. De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR. 2021, ⟨10.15454/djh8-yp20⟩⟨hal-03176063⟩

Agroportal enquête auprès de ses utilisateurs : répondez avant le 11 mars

AgroPortal (http://agroportal.lirmm.fr) est un portail public de vocabulaires et d’ontologies dédié à l’agronomie, développé depuis 2016.

 

En septembre 2020, une nouvelle version du portail est sortie, comprenant plusieurs améliorations techniques ainsi que de nouvelles ressources sémantiques. Actuellement, l’équipe Agroportal développe un service d’évaluation automatique du degré de la mise en œuvre des principes FAIR appliqué aux vocabulaires. 

Dans ce contexte, Agroportal lance une enquête en ligne auprès de ses utilisateurs. Cette étude a pour objectif d’identifier les limites et les éventuels points d’amélioration du portail, ainsi que vos attentes vis-à-vis du futur service pour des vocabulaires plus FAIR. Vos réponses fourniront des renseignements importants sur vos besoins. 

Lien vers l’enquête : https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSffyiSAC7s7pgn8-l3sse4Jmz33C6rtTbSOkMO2RIzl76DSow/viewform

Ce questionnaire ne devrait vous prendre que 15 à 20 minutes. La date limite pour répondre est le 11 mars 2021. 

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) dévoile son offre de formation 2021 autour de la thématique FAIR

En 2021, l’IFB, le nœud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR étoffe son offre formation autour de la thématique FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable). Ces formations sont ouvertes à tous.


Deux éditions de la nouvelle formation “FAIR data : Science Ouverte et PGD – Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé” sont proposées en distanciel synchrone (avec l’outil zoom) au printemps (du 15 au 19 mars 2021) et à l’automne (du 16 au 19 novembre) 2021
.

Cette formation cible l’ensemble des personnels scientifiques confrontés à la gestion de jeux de données en sciences de la vie et de la santé et souhaitant mettre en œuvre les principes « FAIR » tout au long du déroulement d’un projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche. Elle  présentera sous forme de séances pratiques et interactives les ressources accessibles à la communauté scientifique, en particulier dans le domaine des sciences de la vie et de la santé, ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche. Plus d’informations sur le site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training .

La session 1 de printemps (mars 2021) cible plus particulièrement un public averti susceptible de devenir formateur sur cette thématique (ingénieurs bioinformaticiens en charge de la gestion de gros jeux de données, data managers et data stewards, responsables de plateformes). Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires avant le 5 mars 2021 (15 participants maximum), merci de remplir le formulaire suivant : Formulaire Inscription

La session 2 d’automne (novembre 2021), est ouverte à tout public, sans pré-requis ni expérience préalable d’outils de gestion de jeux de données, mais souhaitant monter en compétences sur cette thématique. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.

Enfin, l’IFB/Elixir-FR propose une deuxième édition de sa formation “FAIR bioinfo : Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible ?” du 28 au 30 juin 2021 en présentiel à Paris. Vous trouverez plus d’informations sur le contenu de cette formation sur le site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-bioinfo-training. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.

Retrouvez tous les contenus autour de la thématique FAIR, webinaires enregistrés, présentations de projets phares de l’IFB-Elixir-FR, etc. : https://www.france-bioinformatique.fr/?s=FAIR  

L’IFB est une Unité Mixte de Service (UMS), sous la tutelle de cinq organismes de recherche nationaux : Cnrs, INRAE, Inserm, CEA et INRIA.

Lisez la 2d lettre RDA-France-FAIR : événements, appels à contribution, lectures, webcast

Si vous n’êtes pas encore abonné, retrouvez le contenu de la lettre en ligne.

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Au sommaire :

  • Événements
    • Rappel – PIDapalooza, 27-28 janvier 2021
    • Réunion ouverte à tous du Groupe de Travail RDA FAIR for Research Software, 2 février 2021, 21h heure de Paris
    • Un séminaire sur les Plans de Gestion de Données en SHS le 11 février
  • Appels à contribution
    • Appel à relecture d’un document de la RDA sur le lien entre financeurs et communautés
    • FAIRsFAIR vous propose un coup de main pour mieux intégrer les principes FAIR à votre politique des données.
  • Des outils pour FAIR
    • Interconnexion entre HAL et ORCID
    • Une ressource interactive pour découvrir les principes FAIR par Doranum
    • L’édition ouverte sur un site européen
  • A lire !
    • Les recommandations de l’OCDE sur l’accès aux données de recherche financées sur fonds publics
    • Deux documents publiés par le Groupe de Travail FAIR de l’Executive Board de l’EOSC sur les Métriques de FAIR pour l’EOSC et la Certification des services pour rendent FAIR possible dans l’EOSC.
    • Un article décrivant une approche pour rendre des données expérimentales tabulaires plus FAIR
    • Extrait de la directive européenne sur FAIR (paragraphe 27)
  • A regarder !
    • Les sessions de la seizième réunion plénière de la RDA (9-12 novembre 2020)
    • Les enregistrements de l’International FAIR Convergence Symposium 2020 (30 novembre – 4 décembre 2020)

Pour vous inscrire, rendez-vous sur https://listes.services.cnrs.fr/wws/info/rda-france-fair.