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De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR

>> GO CHANGE : 1er cas d’étude FooSIN autour de 2 portails terminologiques

Nous demande à des acteurs de la communauté scientifique dans les domaines de l’agriculture et l’agro-alimentaire de partager leur retour d’expérience des pratiques FAIR sur des cas d’étude portant sur des jeux de données, bases de données, ressources sémantiques, logiciels, services, etc.

Les portails terminologiques TermSciences et Loterre exposent des terminologies produites par l’Inra (aujourd’hui INRAE) potentiellement intéressantes pour annoter ou documenter des données. Nous avons voulu savoir quels avancées apporte Loterre vis-à-vis de TermSciences en les considérant sous le prisme des principes FAIR.

Lisez l’interview sur notre site ou téléchargez le document sur HAL.

Nous remercions les concepteurs et administrateurs de TermSciences et Loterre de nous avoir ouvert leurs portails et de s’être prêtés à l’exercice d’analyse de leur adhérence aux principes FAIR.

Majid Khayari, Véronique Reszetko, Dominique Vachez, Nathalie Vedovotto, Jérémy Yon, et al.. De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR. 2021, ⟨10.15454/djh8-yp20⟩⟨hal-03176063⟩

3ème lettre RDA-France-FAIR : Évènements, lectures, vidéos et al. sur la thématique FAIR

Cette lettre ainsi que les précédentes sont désormais consultables en ligne sur le site de la Research Data Alliance à cette adresse.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

 

La lettre n°3 contient :

  • Événements
    • Webinaire autour de DCAT et DCAT-AP à partir du 8 mars
    • Plénière de la RDA du 20 au 22 avril 2021
    • Workshop : “FAIR data competences in doctoral education programs” 26-27 mai
    • Appels à contribution
    • Enquête auprès des utilisateurs d’Agroportal jusqu’au 11 mars
  • A lire !
    • “Guide de bonnes pratiques sur la gestion des données de la Recherche”
    • “Ouverture des données de la recherche. Guide d’analyse du cadre juridique en France”
    • Le rapport “EOSC Interoperability Framework”
    • Le rapport “Digital Skills for FAIR and Open Science”
    • Article : “From Conceptualization to Implementation: FAIR Assessment of Research Data Objects.”
    • Poster : “10 recommandations pour rendre ses matériels de formation plus FAIR.”
  • A regarder !
    • Journées EOSC France
    • “The power of PIDs”
    • “Data Terra et les vocabulaires contrôlés dans les pôles de données”
    • “FAIR data and Covid-19” et “What is the value of FAIR data?”
    • Se former
    • IFB/ELIXIR-FR : offre de formation 2021 autour de la thématique FAIR
  • Pour information
    • 2ème appel à projet du FNSO sur l’édition, la publication ouverte et son écosystème
    • Constitution d’un réseau d’experts internationaux de la Science Ouverte
    • Groupe de Travail RDA WG on “Raising FAIRness in health data and health research performing organisations”

Lire la 3ème lettre RDA-France-FAIR.

Faites connaître la liste dans vos réseaux en transmettant la lettre ou en invitant d’autres personnes à s’abonner  : https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair?previous_action=info

Agroportal enquête auprès de ses utilisateurs : répondez avant le 11 mars

AgroPortal (http://agroportal.lirmm.fr) est un portail public de vocabulaires et d’ontologies dédié à l’agronomie, développé depuis 2016.

 

En septembre 2020, une nouvelle version du portail est sortie, comprenant plusieurs améliorations techniques ainsi que de nouvelles ressources sémantiques. Actuellement, l’équipe Agroportal développe un service d’évaluation automatique du degré de la mise en œuvre des principes FAIR appliqué aux vocabulaires. 

Dans ce contexte, Agroportal lance une enquête en ligne auprès de ses utilisateurs. Cette étude a pour objectif d’identifier les limites et les éventuels points d’amélioration du portail, ainsi que vos attentes vis-à-vis du futur service pour des vocabulaires plus FAIR. Vos réponses fourniront des renseignements importants sur vos besoins. 

Lien vers l’enquête : https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSffyiSAC7s7pgn8-l3sse4Jmz33C6rtTbSOkMO2RIzl76DSow/viewform

Ce questionnaire ne devrait vous prendre que 15 à 20 minutes. La date limite pour répondre est le 11 mars 2021. 

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) dévoile son offre de formation 2021 autour de la thématique FAIR

En 2021, l’IFB, le nœud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR étoffe son offre formation autour de la thématique FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable). Ces formations sont ouvertes à tous.


Deux éditions de la nouvelle formation “FAIR data : Science Ouverte et PGD – Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé” sont proposées en distanciel synchrone (avec l’outil zoom) au printemps (du 15 au 19 mars 2021) et à l’automne (du 16 au 19 novembre) 2021
.

Cette formation cible l’ensemble des personnels scientifiques confrontés à la gestion de jeux de données en sciences de la vie et de la santé et souhaitant mettre en œuvre les principes « FAIR » tout au long du déroulement d’un projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche. Elle  présentera sous forme de séances pratiques et interactives les ressources accessibles à la communauté scientifique, en particulier dans le domaine des sciences de la vie et de la santé, ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche. Plus d’informations sur le site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training .

La session 1 de printemps (mars 2021) cible plus particulièrement un public averti susceptible de devenir formateur sur cette thématique (ingénieurs bioinformaticiens en charge de la gestion de gros jeux de données, data managers et data stewards, responsables de plateformes). Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires avant le 5 mars 2021 (15 participants maximum), merci de remplir le formulaire suivant : Formulaire Inscription

La session 2 d’automne (novembre 2021), est ouverte à tout public, sans pré-requis ni expérience préalable d’outils de gestion de jeux de données, mais souhaitant monter en compétences sur cette thématique. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.

Enfin, l’IFB/Elixir-FR propose une deuxième édition de sa formation “FAIR bioinfo : Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible ?” du 28 au 30 juin 2021 en présentiel à Paris. Vous trouverez plus d’informations sur le contenu de cette formation sur le site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-bioinfo-training. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.

Retrouvez tous les contenus autour de la thématique FAIR, webinaires enregistrés, présentations de projets phares de l’IFB-Elixir-FR, etc. : https://www.france-bioinformatique.fr/?s=FAIR  

L’IFB est une Unité Mixte de Service (UMS), sous la tutelle de cinq organismes de recherche nationaux : Cnrs, INRAE, Inserm, CEA et INRIA.

Lisez la 2d lettre RDA-France-FAIR : événements, appels à contribution, lectures, webcast

Si vous n’êtes pas encore abonné, retrouvez le contenu de la lettre en ligne.

Pour recevoir les prochaines lettres, abonnez-vous ici.

Au sommaire :

  • Événements
    • Rappel – PIDapalooza, 27-28 janvier 2021
    • Réunion ouverte à tous du Groupe de Travail RDA FAIR for Research Software, 2 février 2021, 21h heure de Paris
    • Un séminaire sur les Plans de Gestion de Données en SHS le 11 février
  • Appels à contribution
    • Appel à relecture d’un document de la RDA sur le lien entre financeurs et communautés
    • FAIRsFAIR vous propose un coup de main pour mieux intégrer les principes FAIR à votre politique des données.
  • Des outils pour FAIR
    • Interconnexion entre HAL et ORCID
    • Une ressource interactive pour découvrir les principes FAIR par Doranum
    • L’édition ouverte sur un site européen
  • A lire !
    • Les recommandations de l’OCDE sur l’accès aux données de recherche financées sur fonds publics
    • Deux documents publiés par le Groupe de Travail FAIR de l’Executive Board de l’EOSC sur les Métriques de FAIR pour l’EOSC et la Certification des services pour rendent FAIR possible dans l’EOSC.
    • Un article décrivant une approche pour rendre des données expérimentales tabulaires plus FAIR
    • Extrait de la directive européenne sur FAIR (paragraphe 27)
  • A regarder !
    • Les sessions de la seizième réunion plénière de la RDA (9-12 novembre 2020)
    • Les enregistrements de l’International FAIR Convergence Symposium 2020 (30 novembre – 4 décembre 2020)

Pour vous inscrire, rendez-vous sur https://listes.services.cnrs.fr/wws/info/rda-france-fair.

1ère lettre RDA-France-FAIR : Évènements, Appels à contribution et Lectures sur la thématique FAIR

https://pixy.org/592144/

Le projet FooSIN est fier d’annoncer l’envoi de la première lettre d’information sur la liste RDA-France-FAIR (lire l’article annonçant l’ouverture de la liste). L’idée lancée il y a quelques mois (lire les résultats de l’enquête) s’est concrétisée. Nous serons plusieurs membres de FooSIN à nous relayer pour contribuer à l’animation de la liste et à la préparation des lettres d’information.

Si vous n’êtes pas encore abonné, pensez-y et lisez la lettre n°1 en ligne.

Au sommaire :

  • Événements
    • International FAIR Convergence Symposium, 27 novembre 2020 – 4 décembre 2020
      Important : une erreur s’est glissée dans la lettre. Les horaires des sessions suggérées sont indiquées pour le fuseau UTC. Si vous êtes en France, il faut ajouter une heure. Ainsi, la session FAIR Workflows Session du 30/11 par exemple aura lieu de 16h à 18h.
    • FAIRplus webinar to showcase the value of FAIR data and FAIR data management, 9 décembre 2020, 10h-12h
  • Appels à contribution
    • Questionnaire sur les formations proposé par le projet ANR FooSIN
    • Appel à commentaires sur les recommandations sur la Certification du Groupe de Travail FAIR de l’EOSC
    • Enquête du Groupe de Travail FAIR for Research Sofware commun à la RDA, à FORCE11 et à la Research Software Alliance sur les principes FAIR pour les logiciels
  • A lire !
    • The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship (Wilkinson et al., 2016)
    • Turning FAIR into Reality, Rapport final et plan d’action du groupe d’experts de la Commission européenne sur les données FAIR
    • Deux documents publiés récemment par le Groupe de Travail FAIR de l’Executive Board de l’EOSC, sur l’implémentation des principes FAIR et les politiques à mettre en œuvre pour les PID

Pour vous inscrire, rendez-vous sur https://listes.services.cnrs.fr/wws/info/rda-france-fair.

Poste Administrateur.trice fonctionnel.le de l’entrepôt de données de recherche du Cirad – Dataverse

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique ciradpour le Développement) recherche un.e Administrateur.trice fonctionnel.le de l’entrepôt de données de recherche du Cirad, Dataverse.

Poste ouvert en CDI au sein de la Délégation à l’information scientifique et technique du Cirad, à Montpellier. Ce poste s’inscrit dans la stratégie de mise en œuvre par l’établissement, des principes FAIR et d’une Science Ouverte.

Plus détails sur le poste et pour candidater :

Poste CDI Cirad – Administrateur.trice fonctionnel.le de l’entrepôt de données de recherche du Cirad

Date limite de candidature : 06/01/2021

International FAIR Covergence Symposium 27 nov – 4 déc

L’International FAIR Covergence Symposium, c’est pour bientôt.

Vous pouvez vous inscrire en ligne : https://conference.codata.org/conference/FAIRconvergence2020/registration/ (code pour accéder au formulaire d’inscription : FAIRCONVERGE1)

La conférence est gratuite et contrairement à ce qui est écrit sur le site, il est encore possible de s’inscrire. Notez que les horaires sont plutôt favorables aux français.

Le programme est là : https://conference.codata.org/FAIRconvergence2020/programme/

Lors de l’inscription, on vous demandera de sélectionner les sessions auxquelles vous souhaitez assister. Le Food Systems Implementation Network auquel participe FooSIN organise une session intitulée « FAIR implementation for Federated Food Systems Data” qui aura lieu le 3 décembre de 15h à 17h. Il y aura notamment une présentation de Brapi (breeding API) et des discussions sur sa transposabilité à d’autres domaines comme celui des sciences animales par exemple. Nous vous invitons bien sûr à sélectionner cette session.

Abonnez-vous à la liste RDA-France-FAIR

FooSIN a le plaisir de vous annoncer l’ouverture de la liste RDA-France-FAIR. Cette liste est destinée à toutes les personnes qui s’intéressent à la mise en œuvre des principes FAIR et qui cherchent un espace pour s’informer et échanger en français par exemple :

  • des annonces sur les événements et les formations,
  • des recommandations de lectures,
  • des appels à contribution (relectures, sondages…)

Les abonnés recevront une lettre mensuelle et des envois ponctuels pour les actualités à date courte. Pour en savoir plus, voir la présentation lors de la réunion RDA France du 16 septembre 2020 : https://rdafrance2020.sciencesconf.org/data/pages/Liste_rda_france_fair_RDA_09_20.pdf

Pour vous inscrire à la liste, rendez-vous sur  https://listes.services.cnrs.fr/wws/subscribe/rda-france-fair

Le comité d’animation de la liste est composé de volontaires issus d’organismes publics de domaines très divers, de représentants de RDA France et de GO FAIR France, et de membres du projet FooSIN. Il reste des places si vous souhaitez participer à la collecte et à la sélection des informations ainsi qu’à la rédaction de la lettre d’information mensuelle. Si vous souhaitez rejoindre le groupe d’animation ou si vous avez des informations que vous souhaitez partager sur la liste, envoyez un message à rda-france-fair-request@services.cnrs.fr

FAIRsFAIR : atelier sémantique FAIR

Le projet FAIRsFAIR organise un atelier sur  “FAIR Semantics” pour recueillir les commentaires sur les recommandations qu’il a produites et partagées au printemps : Le Franc, Yann, Parland-von Essen, Jessica, Bonino, Luiz, Lehväslaiho, Heikki, Coen, Gerard, & Staiger, Christine. (2020). D2.2 FAIR Semantics: First recommendations (Version 1.0). FAIRsFAIR. 10.5281/zenodo.3707985

L’atelier aura lieu en ligne le 15 octobre de 13:00 à 17:00 CET.

Si vous êtes intéressé pour participer, vous êtes invité à vous enregistrer ici :  https://www.fairsfair.eu/events/recommendations-fair-semantics

Si vous souhaitez contribuer mais n’êtes pas disponible le jour de l’atelier, vous pouvez apporter vos commentaires à tout moment dans le répertoire github :  https://github.com/FAIRsFAIR/FAIRSemantics

FooSIN participera à ce nouvel atelier.

En savoir plus sur le projet FAIRsFAIR : https://www.fairsfair.eu/  et le WP2 autour de la sémantique et de l’interopérabilité.